من طرف ابن عم النبي محمد صلي الله عليه وسلم ورابع الخلفاء الراشدين، بايعه المسلمون بعد مقتل عثمان بن عفان، قام فور توليه الخلافة بعزل ولاة الدولة السابقين وتعيين ولاة آخرين يثق بهم. وتخللت فترة حكمه الفتن والمعارك التي أثرت كثيرا في مستقبل تاريخ العالم الإسلامي كمعركة الجمل ضد طلحة بن عبيد الله والزبير بن العوام ومعهما عائشة بنت أبي بكر الذين طالبوا بالقصاص من قتلة عثمان وانتهت بمقتل طلحة والزبير وانتصار علي. ومعركة صفين ضد معاوية بن أبي سفيان الذي طالب كذلك بدم عثمان، وإن كان بعض المؤرخين يرجعون ذلك لأغراض سياسية ولتعارض المصالح وقُتِل علي على يد عبد الرحمن بن ملجم الخارجي وبويع ولده الأكبر الحسن بعد موته
